ngs检测的质控流程,NGS检测流程主要包括

这是一篇发表在NatureReviewsGentics上的综述，题为“实验重复在减少NGS测序错误中的作用”。虽然NGS测序技术的进步提高了测序的保真度，但测序错误率却降低了。但考虑到人类基因组中有数十亿个碱基，极低的错误率在突变的过程中还是会产生很多错误检测。有些假突变与真的体细胞突变和罕见突变非常相似，要在下游实验中验证这些假阳性突变将会花费很大的成本。

NGS误差可能来自实验的各个步骤:样品处理、文库制备、测序和成像或照相步骤。重复类型包括测序读数覆盖深度、技术重复(分析相同的样品并经历相同的处理步骤)、生物重复(分析来自相同宿主的不同生物样品并经历相同的处理步骤)和跨平台重复。目前，减少测序错误的方法主要集中在后处理过滤策略，包括过滤测序读数的深度、碱基质量值、比较质量值、变异质量值、已知变异位点、链偏好、等位基因不平衡和序列上下文。

二代测序又称Highthroughputsequencing，是一种基于PCR和基因芯片的DNA测序技术。二代测序的临床应用:作为检测的一种手段，二代测序主要应用于基因的生殖变异(遗传性)和体细胞变异(获得性)的检测中。对于遗传病，主要的技术方案有靶向面板测序、全外显子测序、全基因组测序和线粒体DNA测序。

测序深度低的WGS数据无对照样本，检测新生儿染色体异常的产前工具检测，传统上采用绒毛或羊水进行取样和核型分析。但是采样会造成1%左右的流产概率。研究表明，约3.4%~6.2%的胎儿cfDNA会出现在母亲的血浆中，并在整个基因组中呈现均匀分布。这些片段足够检测胎儿染色体异常。目前使用NGS进行产前检测的一个缺点是检测一组新的数据需要匹配健康的参考样本，以减少实验的影响，增加检测的成本。

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泰国试管流程它分为这几个步骤:准备阶段在中国是一个阶段，试管夫妇需要做的是全套体检和身体调理。基础打好了，后续的试管处理才能更顺利。双方体检以抽血为主。体检报告出来后，会送到泰国医生那里进行评估，按照医生的建议逐步调整身体，达到理想状态后再去泰国。在促排卵和取卵过程中，患者在月经当天或第二天到达泰国，到医院就诊，然后做必要的数据检查，以便医生根据最新结果制定促排卵方案。

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一般需要810天才能促排卵。当b超确定卵泡发育合格后，注射HCG。试管家庭的男方最早可以和试管妈妈一起去泰国，最晚在注射HCG当天去泰国，否则会耽误后续的采精过程。取卵和取精在同一天进行，在注射HCG后第36小时要求进行取卵手术。当然，不同患者之间可能会有细微差别，但时间一定要由医生控制，患者不可擅自迟到。在筛查阶段的这个阶段，夫妻双方都可以回国等待，不用去医院。

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随着测序成本越来越低，测序技术也越来越先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究人员正慢慢将注意力转向结构变异(SV)。变异是导致基因组差异的最重要因素，根据结构变异可分为不同类型，又可进一步分为DNA序列插入、缺失、重复、倒位、易位、拷贝数变异等。结构变异可以影响基因组的稳定性、相关基因的表达调控，进而决定物种的表型。

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此外，一些罕见且相同的结构变异往往与疾病(包括癌症)的发生相互关联，甚至直接由其诱发。结构变异不仅广泛存在于人类基因组中，也存在于动物和植物中。研究人员发现，结构变异还与一些关键农艺性状或育种相关性状密切相关。并且许多研究表明，结构变异可以更好地分析种群结构，为我们理解动植物的驯化过程提供进一步的有效信息。

临床中的NGS基因检测可以针对选定的一组基因、外显子(所有已知基因，约占基因组的2%)或整个基因组进行设计。但无论选择哪种策略，临床的最终目的都是为了预测和求医(专业来说就是寻找与临床表型相关的基因变异，进而指导患者使用化疗药物、靶向药物、评估预后、患病风险等，)，而偏离这个方向临床意义不大。测量约30亿个碱基对的DNA序列，将覆盖内含子、基因间区等大量功能未知区域，获得大量未知变异信息；检测的变异类型多样，如SNV、因德尔斯、SV、CNV、基因重排等，更好的测序覆盖率和一致性；在没有先验信息的情况下，很难确定突变是否致病，解读起来非常困难；测序成本高(在100x深度，成本是WES的3到5倍)；数据分析和存储需要更多的资源。